Acquistato dall'Atalanta nel giugno 2017 per 28 milioni di euro, l’ivoriano arrivò tra le aspettative dei tifosi, che in quell’anno videro vestire la maglia rossonera anche Leonardo Bonucci, Calhanoglu e André Silva, per cercare di tornare ai fasti di un tempo. Ma la stagione non andò come doveva andare, finì con un anonimo sesto posto, dopo che Gattuso aveva rilevato l’esonerato Montella. Agli occhi di tutti Franck Kessie è sembrato il solito acquisto sopravalutato, dopo un'ottima annata con gli orobici, arriva subito un campionato opaco sotto la Madonnina. Il classico giocatore che di lì a poco sarebbe finito nel dimenticatoio in qualche campionato estero minore. 

Sia con il tecnico ex attaccante di Roma e Sampdoria che con il buon Ringhio, il rendimento del nazionale della Costa d’Avorio fu altalenante. Alternando ottime prestazioni a match davvero deludenti. A preoccupare era anche il suo carattere ribelle. Famosa la lite con l’argentino Biglia in un Inter-Milan, dove il numero 79 non accettò la sostituzione e fu ripreso dal suo compagno, dando vita ad un vergognoso teatrino sotto l’occhio attento delle telecamere.

A fronte delle numerose offerte ricevute, Monaco e West Ham su tutte, la società ha più volte preso in considerazione una sua possibile cessione. In quanto nel moderno calcio business il rapporto tra ammortamento e stipendio era considerato iniquo rispetto alle prestazioni sul campo. Ma il giocatore ha sempre puntato i piedi, preferendo i colori del Diavolo.

Anche nel campionato scorso con Giampaolo in panchina le cose sembravano non andare per il verso giusto, fino all’arrivo di Pioli, che messo in naftalina la mediana a tre adottata nelle ultime stagioni, passa al 4-2-3-1. Il nuovo modulo mette a suo agio il ragazzo, che a 25 anni è ormai giunto nel pieno della sua maturazione calcistica e riesce ad esprimere al meglio le sue caratteristiche migliori. Giocando a due davanti alla difesa esalta tutte le qualità in fase d’interdizione, recupero palla e dando il via alla ripartenza della manovra con il primo passaggio. Le sue doti atletiche gli permettono di essere pericoloso anche in area avversaria con vivaci e decise incursioni, nonché rivelatosi un cecchino infallibile dagli 11 metri.

Da libro cuore l’intervista nel post match del Dall’Ara. Quando alla domanda di: “chi fosse il rigorista della squadra”, cede volentieri l’onore delle armi a Ibrahimovic, nonostante lo svedese abbia una media realizzativa non proprio invidiabile. Diventando sempre più leader silenzioso del  Milan targato Stefano Pioli, cui sembra non poter fare più a meno del suo presidente.