Da allenatore di calcio Zdenek Zeman ha iniziato a farsi conoscere per le sue idee di calcio, molto diverse dagli altri. Non ha mai vinto niente ma viene ricordato per le sue grandi imprese, il suo calcio spettacolo, le sue larghissime vittorie, ma anche per le rocambolesche sconfitte, ma soprattutto per le sue dichiarazioni di doping contro la vecchia signora.
Con le sue idee a ispirato tanti altri allenatori, ed ha lanciato tantissimi calciatori. Si fece strada nel calcio che conta con il Foggia dei miracoli, che dalla serie C sfiorò la qualificazione in coppa Uefa.
La stagione successiva, più precisamente nel 1994/95 passò sulla panchina della Lazio, il quale ottenne anche un secondo posto, per poi essere esonerato nel gennaio 1997. Nello stesso anno venne contatto e ingaggiato da Franco Sensi presidente della Roma. Nella sua parentesi giallorossa, Francesco Totti divenne capitano della Roma.
Poi il caso doping, il quale accusa i calciatori di assumere sostanze dopanti, puntando il dito soprattutto contro la Juventus di Luciano Moggi. La procura aprì un caso, e nel 2007 si concluse con l'assoluzione, un nulla di fatto per il boemo. Ma poco tempo dopo, Luciano Moggi coinvolto nello scandalo calciopoli fu radiato dal calcio, e alla Juventus vennero revocati due scudetti e condannata alla retrocessione in serie B, con una penalizzazione di -17 punti.
Dopodiché la sua carriera fu di alti e bassi. Da ricordare una grande promozione con il Pescara, dalla serie B alla serie A, lanciando calciatori del calibro di Verratti, Insigne e Immobile, ad oggi ancora protagonisti, per poi essere esonerato nella massima serie, ed un deludente ritorno alla Roma. Peccato se non ci fossero state quelle dichiarazioni, chissà come sarebbe andata la carriera di Zeman. 

Saranno solo statistiche, ma sia la Lazio di Eriksson nel 2000 e la Roma di Capello nel 2001 conquistarono il titolo di campione d'Italia ereditando una squadra lasciata dal tecnico boemo.