Bruno Miguel Borges Fernandes nasce l'8 settembre 1994 a Maia, un comune situato nel distretto di Porto. Il giovane portoghese cresce in patria nelle giovanili del Boavista, fino a quando il 27 agosto 2012 viene acquistato dal Novara per la modica cifra di 40 mila euro. Inizialmente gioca con la Primavera per poi passare in prima squadra, dove debutta il 3 novembre 2012 contro il Cittadella. Nel suo primo ed unico anno di Serie B disputa 23 partite collezionando 4 gol e 2 assist.

Dopo questa stagione viene ceduto all'Udinese per 5 milioni di euro. Fa il suo debutto in Serie A il 3 novembre 2013 nella sconfitta contro l'Inter, mentre il 7 dicembre trova il suo primo gol in A nella trasferta finita 3-3 contro il Napoli. Conclude il suo primo campionato nella massima serie italiana segnando 4 gol e servendo 6 assist. Nelle due stagioni successive rimane all'Udinese collezionando complessivamente 7 gol.

Nell'estate del 2016 si trasferisce alla Sampdoria in prestito oneroso per un milione di euro con un obbligo di riscatto di 6 milioni. Nella stagione 2016/2017 indossa la maglia blucerchiata per 35 volte facendo 5 reti. Dopo quattri anni in Italia Fernandes torna in Portogallo per circa 9 milioni di euro allo Sporting Lisbona, dove ottiene ottimi risultati nella sua prima stagione, andando in doppia cifra sia di gol che di assist (16 gol e 20 assist) in tutte le competizioni. La stagione successiva (2018/2019) è quella della consacrazione, il trequartista portoghese va a segno per ben 32 volte e serve 18 assist, battendo il record di gol fatti in una stagione da un centrocampista in Europa. In soli due anni la sua valutazione è passata da 9 milioni di euro a quella attuale di 50 e passa milioni. A quasi 26 anni Fernandes è pronto per il grande salto di qualità, sul giocatore ci sono già alcuni dei top club europei, come i due Manchester, l'Atletico Madrid  e il PSG.